如何确保下游应用的DNA和RNA的高质量（包括PCR和下一代测序）?随着新的纯化技术的出现，这一想法变得从未如此简单过 。现在，从凝胶、酶反应和不纯或稀释的样品中纯化DNA和RNA，先进的纯化技术适用于即使是小量或低洗脱量核酸，得到的DNA或RNA的质量都很高。然而，有了丰富的选择，棘手的问题是选择哪个试剂盒呢？让我们一起看看这些试剂盒的功能和区分吧！

一、选择合适的纯化试剂盒

三大关键原则:核酸类型、片段大小、污染物。

这三个原则决定了哪种试剂盒是合适的。在样本中，可能普遍存在着蛋白质和盐污染。如果想要去除任何不需要的盐、蛋白质、未结合的染料/荧光和核苷酸以及苯酚，纯化试剂盒是最好的。

或者，一步法 PCR抑制剂去除试剂盒可消除环境样品中抑制下游应用的常见污染物。对于双链和单链DNA和RNA，核酸纯化的种类及其最佳应用如表1和表2所示。

二、不同核酸类型的纯化试剂盒

1. DNA纯化试剂盒

表1 - DNA纯化试剂盒的兼容性及建议应用

DNA Clean & Concentrator (DCC) Kits 和Genomic DNA Clean & Concentrator (gDCC) Kits针对dsDNA进行了优化，但能够结合单链核酸类型。然而， Oligo Clean & Concentrator Kit (OCC) 利用结合化学的特性，更有利于较小的双链或单链片段。

Zymo Research的凝胶试剂盒和Select-a-Size DNA Clean & Concentrator Kits 可去除不需要的盐，蛋白质和片段，并进行大小选择。 Zymoclean Recovery Kits提供琼脂糖凝胶中核酸的精确提取，而Select-a-Size DCC kits纯化所需的、可调节的DNA片段大小范围。

2. RNA纯化试剂盒

表2 - RNA纯化试剂盒的兼容性及其建议应用

RNA Clean-Up kits，包括RNA Clean & Concentrator (RCC) Kits和Oligo Clean & Concentrator (OCC) Kits与dsDNA, ssRNA, dsRNA和ssDNA(包括cDNA)兼容。表2中的clean and concentrator kits经过优化，可以从不纯或稀释的提取液中洗脱总RNA和其他单链片段。

而RNA recovery kits 提供精确的双链和单链核酸大小选择。这些试剂盒可从琼脂糖或PAGE分离的样品中去除不需要的盐、蛋白质和片段。

3. PCR抑制剂去除试剂盒

一步法 PCR抑制剂去除试剂盒产生高质量的DNA或RNA，并因其仅结合PCR抑制剂而不结合核酸的能力而脱颖而出。这些试剂盒包括一个快速的一步程序，用于在PCR，测序和逆转录(RT)之前清洁不纯样品，回收率为50 - 90%。柱基质有效地去除可以抑制下游应用的污染物，如腐植酸、单宁、多酚类物质和黑色素。这些抑制剂在粪便、土壤、植物和种子等环境样品中很常见。

三、在相似试剂盒中的选择

1. DNA Clean & Concentrator vs. Genomic DNA Clean & Concentrator Kit

DNA Clean & Concentrator (DCC) Kits and Genomic DNA Clean & Concentrator (gDCC) Kits都针对dsDNA样品进行了优化，但它们也可以通过修改操作结合单链或cDNA片段。

如果DNA片段小于10 kb，则DCC是最优的。DCC在DNA较小片段的恢复上，50 bp - 10 kb，有70 - 90%的得率。

如果DNA片段大于10 kb，则gDCC是实现最大样品回收率的最佳试剂盒。gDCC在DNA较大片段的恢复上，> 10 kb，有70 - 95%的得率。

虽然这两种试剂盒都可扩展以增加每次准备处理的样品，但DCC试剂盒还具有可选磁珠格式的自动化功能。

·    颜色较浅-总尺寸范围  ·     深色-最佳尺寸范围

2. Zymoclean Gel DNA Recovery vs. Select-a-Size DNA Clean & Concentrator Kit

当涉及到从琼脂糖凝胶中恢复精确大小选择dsDNA片段时，Zymoclean DNA kits是最好的。Zymoclean gel DNA Recovery Kit对50 bp - 10 kb的dsDNA分离片段的最佳回收率为70 - 90%，而 Zymoclean Large Fragment DNA Recovery Kit对10 kb至> 200kb的分离样本的最佳回收率最高。

另一方面，Select-a-Size DNA Clean and Concentrator Kits经过优化，可以在广泛的dsDNA片段上进行大小选择，而无需凝胶切除。操纵滴定截止点允许定制选择性地分离感兴趣的片段范围。该试剂盒可以操作≥50 bp dsDNA的尺寸选择范围截止，并且具有磁珠可用的自动化准备。

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3.RNA Clean & Concentrator vs. Oligo Clean & Concentrator Kit

RNA Clean & Concentrator (RCC) Kits和Oligo Clean & Concentrator (OCC) Kits均可用于所有核酸。然而，OCC试剂盒最适合DNA和短RNA寡核苷酸。鉴于RCC试剂盒是总RNA, cDNA和其他单链片段的最佳选择，并且可以按比例缩放以处理每次准备的更大样品输入；它也可以自动化，具有可用的磁珠。

当谈到产量时，OCC试剂盒将产生ssDNA/RNA或dsDNA≥16个核苷酸，而RCC试剂盒将产生总RNA≥17个核苷酸。这两种试剂盒分别提供了> 90%回收率的产率。

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4. Zymoclean Gel RNA Recovery vs. ZR Small-RNA Page Recovery Kit

Zymoclean Gel RNA Recovery Kit是最佳的大片段，有效地分离琼脂糖凝胶与高分辨率。而ZR small -RNA PAGE Recovery Kit从聚丙烯酰胺凝胶中纯化RNA。而Zymoclean Gel RNA Recovery Kit则提取在TAE, TBE和MOPS缓冲琼脂糖凝胶中溶解的RNA，并且对≥500个核苷酸的片段提供≥80%的回收率。

相反，ZR small -RNA PAGE Recovery Kit允许回收小RNA(和DNA)片段，17 - 200个核苷酸，从高达20% (w/v)的聚丙烯酰胺凝胶中使用溴化乙酯或ssRNA特异性染料(天然或变性)染色。此外，该试剂盒可结合小片段，17 - 28个核苷酸，回收率≥50%。

片段大小和每个凝胶组成的分离的有效性是决定这些凝胶回收试剂盒时要考虑的两个关键因素。